哲学系学术研究,注重在哲学基础理论研究和哲学理论应用研究两个层次做前沿开拓,并集中力量在应用伦理学、西方古典哲学等方面寻求优先突破,取得明显成效。2000年复系以来,本系教师承担(或主持)了国家哲学社会科学基金项目、教育部人文社会科学项目、其他省部级项目和国际合作项目数十项,其中包括多项重大攻关项目。
        本学科共承担在研国家重大项目1项,国家哲学社会科学基金项目12项(其中重点项目2项),国家自然科学基金项目3项,市部级项目14项,校级项目12项,院级项目18项,另承担国际和海外合作项目10余项。
        为了引导学术研究、积累研究成果,哲学系复建之初即组织实施“三一学术工程”(“清华哲学研究系列”、“清华哲学教材系列”、“清华哲学翻译系列”、《清华哲学年鉴》)。目前,“清华哲学研究系列”已出版学术专著或文集16部,“清华哲学教材系列”已出版各类哲学教材6部,“清华哲学翻译系列”已出版8部,《清华哲学年鉴》已连续出版8部(2000一2008年度)。