湖北松滋人。曾就读于哈尔滨工业大学计算机系 (1982年1月毕业)、美国宾州州立大学数学系 (1988年12月毕业)；博士研究生毕业后先后在奥本大学数学系和加州大学伯克利分校数学系访问；1990年春到新加坡国立大学数学系工作，先后任讲师和高级讲师；1998年春从新加坡国立大学辞去长期教职、回到中科院数学所任研究员，一年后随数学所转入新合并成立的中科院数学与系统科学研究院。曾任一届数学所副所长。2004 - 2007年曾在清华大学数学系任教。曾因为数学院-新加坡国立大学理学院-加州伯克利分校数学系三方数理逻辑研究生联合培养项目再度到新加坡国立大学数学系执教五年。2020年5月退休前为数学与系统科学研究院二级研究员。

冯琦的研究领域主要集中在集合论和数理逻辑。他在高阶无穷组合理论、大基数与实数集合正则性关联问题、大基数内模型问题等方向做出过非常意义的探索和发现、发表了系列的英文论著、并获得国内外同仁的高度肯定。当前冯琦的研究问题集中在物质分析基础和价值分析基础方面。这些问题是逻辑学、数学、哲学、经济学的交叉结合部分的问题， 也自然涉及数学哲学和科学哲学的基本问题。冯琦先生加盟清华大学哲学系，希望能继续在数理逻辑、数学哲学等领域继续探索。

冯琦重视逻辑学基础教育，十分热爱教学，已培养了一批目前活跃在国内外舞台上的逻辑学青年人才。2017年来，他先后在科学出版社《现代数学基础丛书》系列下出版了“导引”三部，《数理逻辑导引》(2017)、《线性代数导引》(2018)、《集合论导引》（三卷本）(2019)，以及一本外篇，《基本逻辑学》(思维与表达正确性问题探究)(2020)。未来他将会为清华大学的本科生、研究生开设新的逻辑学课程，推动学科交叉、继续培养人才。