自复建以来，与校内原有哲学研究机构密切配合，在学校的大力支持下，哲学系全体同仁精诚团结、齐心合力、艰苦奋斗，不仅在5年内完成了从哲学本科到哲学一级学科博士J点、哲学博士后流动站的完备体系建设，而且，在教学和科研两个方面均实现了跨越式发展:

1 2000年，复建哲学系并建成伦理学硕士点，加上原有的科技哲学硕士点(1984年建立)，开始两个硕士点研究生招生;

2 2002年，完成马克思哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学4个硕士点的建设;

3 2002年，建成伦理学专业博士点;

4 2003年，开始正式招收哲学专业本科生，首届学生7名;

5 2004年，与清华大学科技所合建哲学博士后流动站，是年，在全国学科评估中，清华哲学学科在全国哲学学科中排名第十;伦理学在全国伦理学专业中排名第三;

6 2004年，在“985二期”国家重大创新基地的申报中，哲学系同本校中文系、历史系和外语系一起成功申报“中华文明与文化研究国家创新基地”重大项目;

7 2005年，在全国第十批增列学位授权审核工作中，申报哲学一级学科博士点授予权获批准(2006年8月国务院学位委员会公布)，是年，在全国哲学学科评估中，清华哲学系排名第六。

清华哲学系目前在职教师26人，其中教授16人，副教授9人，助理教授1人，超过90%的教师具有博士学位，其中3人为外籍教师，他们的专业方向分布在马克思主义哲学、外国哲学、中国哲学、伦理学、逻辑学、美学、宗教哲学和科技哲学全部八个哲学二级学科领域，并在伦理学、政治哲学、中外哲学、逻辑学等专业有较强的教研势力。

哲学系在职教师以中青年为主体，正值年富力强、学术创造的盛年时期。全系教师普遍有高学历和良好的学术背景，多数教师具有海外留学、访间和国际学术合作经历;分支学科人员配备较完整，教师学术互补性强，教研力量专精。全系同仁团结合作，追效先师，致力续接清华哲学学统、再创清华哲学辉煌。